El TEA tiene un origen multifactorial. Intervienen factores biológicos (por ejemplo patologías genéticas, metabólicas o neurológicas), psicológicos (ej. el temperamento del niño) y ambientales (ej. tóxicos, negligencia, trastorno mental severo en la familia…) y la interacción de cada uno de ellos. El peso de cada uno de los factores es variable en cada persona.